Tu médico te dio la información correcta, así que no hay por qué entrar en pánico. Es verdad que 48-72h es mucho tiempo cuando te sientes fatal, pero efectivamente es el plazo normal para que empieces a sentir de verdad la diferencia. La amoxicilina comienza a actuar bastante rápido sobre las bacterias, pero tu cuerpo tarda en recuperarse - la inflamación de la garganta no desaparece de la noche a la mañana aunque los antibióticos hagan su trabajo.
Lo que ayuda mientras esperas: tómate paracetamol o ibuprofeno para calmar el dolor y la fiebre (no es porque estés tomando antibióticos que tengas que sufrir innecesariamente), pastillas para la garganta, descanso. Mucha gente tiene la impresión de que nada funciona porque esperan estar impecables en pocas horas, pero no es así como funciona. Después de 3-4 días vas a sentir claramente que va mejor. Si de verdad nada cambia después de una semana o si empeora, ahí sí hay que contactar de nuevo con el médico - pero en tu caso probablemente estés solo al principio del proceso.