Trabajo con bases de datos hace tiempo y sé bien la preocupación con privacidad. La buena noticia es que se puede hacer esto localmente, sin enviar nada a la cloud. El camino más directo es usar una herramienta como Ollama o LM Studio, que dejan correr modelos de lenguaje en tu computadora. Después subes los PDFs a una herramienta que crea un "índice" de los documentos (RAG - Retrieval Augmented Generation). Básicamente el sistema lee tus archivos, extrae la información importante y cuando alguien hace una pregunta, busca en tus datos y responde con base en lo que encuentra.
Si quieres algo más simple, existen plataformas que corren localmente, como Hugging Face's Transformers o incluso ChatGPT local (usando ollama). Necesitas una computadora decente con algo de RAM y tal vez una buena tarjeta gráfica si quieres velocidad, pero funciona. Hay también opciones open-source tipo PrivateGPT o LocalAI que hacen exactamente esto - procesan documentos PDF y crean un chatbot sin que nada salga de casa.
La gran dificultad es que requiere un mínimo de conocimiento técnico. Pero si tienes facilidad con líneas de comando y Python básico, hay toneladas de tutoriales. Si prefieres algo con interfaz gráfica, LM Studio es bastante accesible. La privacidad está garantizada porque todo queda en tu hardware.