No uses el formato de guardado normal de la app si quieres conservar las capas - eso te va a fusionar todo sin remedio. Lo que nadie menciona es que tienes que exportar a un formato de proyecto antes de cerrar, no simplemente pulsar "guardar". En Express, cuando haces archivo → exportar, busca la opción de guardar como PSD o como proyecto de la app (suele aparecer como "guardar copia de seguridad" o similar según tu versión). Eso mantiene las capas intactas para la próxima sesión.
El problema es que Express está pensado para edición rápida en móvil, no para proyectos complejos. Si guardas como imagen normal (JPEG, PNG), lógicamente pierde toda la información de capas porque esos formatos no las soportan. Pero si la app tiene opción de proyecto nativo, úsala siempre. De todas formas, si tu flujo es serio y necesitas capas estables, la app es bastante limitada - considera probar Krita o Ibis Paint X en Android, que manejan mejor los proyectos multicapa.