O perfume definitivamente pode estragar, e você não está imaginando as mudanças que está percebendo. Os principais culpados são luz, calor e exposição ao ar - os três decompõem os compostos de fragrância ao longo do tempo. Três anos em um banheiro é bem prejudicial para uma garrafa, já que banheiros ficam úmidos e sofrem variações de temperatura toda vez que você toma banho. Aquela cor mais escura que você está vendo é um sinal real de oxidação, e se o cheiro está visivelmente diferente (mais fraco, estranho, ou simplesmente errado), esse é o sinal de que degradou.
A melhor forma de saber é comparar lado a lado com uma garrafa nova se conseguir, mas como nem sempre é prático, confie no seu olfato. Se cheira fraco, tem um toque de vinagre ou metálico, ou simplesmente não tem aquele impacto que tinha antes, estragou. Você também pode conferir se ainda funciona igual - dura na sua pele como antes, ou desaparece super rápido? Se o desempenho caiu junto com o cheiro, aí está sua resposta.
Para manter o perfume por mais tempo, guarde em um local fresco e escuro, longe da luz solar direta e da umidade. Um armário do quarto vence uma prateleira do banheiro toda vez. Se quer tentar aproveitar o que tem, poderia tentar mudar para condições de armazenamento melhores, mas sendo honesta, se já mudou tanto assim, provavelmente não vale a pena tentar salvar. Você teria melhores resultados simplesmente substituindo.