Cabos de terceiros, especialmente os mais baratos, costumam ter uma resistência elétrica mais alta do que os cabos certificados. Isso significa que não estão transferindo energia de forma tão eficiente, então mais energia se perde em forma de calor em vez de ir para a bateria. Seu iPhone esquenta porque está trabalhando mais para puxar a mesma quantidade de carga através de uma conexão menos eficiente. O cabo oficial da Apple é projetado para minimizar essa resistência, é por isso que você não está vendo o mesmo aquecimento.
Com o tempo, a exposição regular a calor excessivo durante o carregamento pode degradar a saúde da bateria mais rápido do que o carregamento normal faria. Baterias de lítio não gostam de calor sustentado, e se você está fazendo isso diariamente com um cabo ruim, provavelmente vai notar a capacidade da bateria caindo bastante em um ou dois anos. Não é que vá pegar fogo de repente nem nada assim, mas você está definitivamente colocando estresse desnecessário na bateria.
O mais seguro é mudar para um cabo Apple oficial ou pelo menos para uma opção de terceiros certificada (procure pela certificação MFi). Se quiser continuar usando cabos baratos, pelo menos verifique primeiro se estão causando o mesmo problema de calor. Além disso, evite carregar em ambientes quentes quando possível - o gerenciamento de temperatura interna do seu telefone só faz tanto. Se o calor for extremo mesmo com um cabo adequado, vale a pena investigar mais, mas na maioria dos casos um cabo melhor vai resolver seu problema.