Не используй обычный формат сохранения приложения, если хочешь сохранить слои - это всё слить без остатка. Что никто не упоминает, так это то, что перед закрытием нужно экспортировать в формат проекта, а не просто нажимать «сохранить». В Express, когда идёшь в файл → экспортировать, ищи опцию сохранения как PSD или как проекта приложения (обычно там написано «сохранить копию» или что-то в этом роде, в зависимости от версии). Это сохранит слои целыми для следующей сессии.
Дело в том, что Express рассчитан на быструю мобильную обработку, а не на сложные проекты. Если сохранишь как обычное изображение (JPEG, PNG), конечно потеряешь всю информацию о слоях, потому что эти форматы их не поддерживают. Но если у приложения есть опция собственного проекта, всегда её используй. В любом случае, если твой рабочий процесс серьёзный и нужны стабильные слои, приложение довольно ограниченное - попробуй Krita или Ibis Paint X на Android, они лучше работают с многослойными проектами.