Estás en una situación difícil, pero aclaremos primero: invitar solo a tu nuevo novio sin ella es mucho peor. Va a parecer raro, ofensivo, y vas a crear un ambiente muy incómodo. Si no quieres que esté, asúmelo y díselo directo, no de manera indirecta. Es más honesto para todos.
Ahora, ¿realmente estás obligado a excluirla? Tres años es una relación seria, y si tienen amigos en común, se va a enterar de que todos van menos ella. Va a ser tenso. Si ella pasó la página (ya que tiene pareja) y pueden ser correctos juntos en una fiesta, honestamente es la solución más fácil. Se ignorarán un poco, no pasa nada.
Si realmente no puedes soportar la idea de que esté ahí, habla primero con tu novia, después contacta a tu ex de manera adulta. Algo simple: "mira, para la boda decidimos limitar a la familia y amigos cercanos, espero que entiendas". No es un crimen dejar a alguien afuera, pero es mejor que lo asumas que andar con jueguitos. Y los amigos comunes entenderán mejor que si hicieras excepciones de forma falsa.