Tres años no es tanto tiempo para que un ventilador de techo empiece a fallar solo por envejecimiento, así que casi seguro hay algo más que polvo detrás de ese chillido. El ruido agudo típicamente viene de las cojinetes o rodamientos que se están secando, y aunque el polvo acumulado definitivamente no ayuda, limpiar solo las aspas muchas veces no soluciona el problema real.
Aquí lo que otros podrían no mencionar: si el chillido viene del motor (y no de fricción entre las aspas y la estructura), limpiar las aspas externamente no va a hacer nada. Lo que necesitas es engrasar los rodamientos internos, y eso sí requiere bajar el ventilador. La mayoría de modelos tienen un punto de acceso (suele ser una pequeña tapa o agujero en el centro del motor), pero algunos están sellados de fábrica y entonces ya no hay solución elegante. Otro riesgo: si intentas limpiar a fondo sin bajarlo, el polvo cae directamente sobre ti y además puede colarse más adentro del motor si no tienes cuidado.
Mi recomendación es que lo bajes. La instalación inversa es rápida si la primera vez lo hiciste bien, toma como veinte minutos. Una vez abajo, vacías el polvo, compruebas que los tornillos de las aspas estén apretados (muchas veces se aflojan y generan vibraciones), y si todavía hace ruido, aplicas un poco de aceite ligero en los rodamientos. Si sigue chillando después de eso, entonces probablemente necesita rodamientos nuevos, pero al menos habrás descartado lo más probable.