Me pasó algo parecido en el acuario de un vecino: los nitritos se disparaban, a pesar del filtro y los cambios de agua. Resultó que el problema no era uno solo, sino una combinación de varios factores. Sí, el sobrealimentación y las plantas importan, pero hay otro detalle que suele pasarse por alto: la colonia bacteriana dentro del propio filtro puede ser inestable. Si el filtro es nuevo o lo limpiaron recientemente, los microorganismos que convierten el amoníaco en nitrito y luego en nitrato aún no se han establecido bien. Los picos de nitritos tienen que ver con eso: cuando hay pocas bacterias, no dan abasto con la carga.
Además, verifica que el filtro no se obstruya demasiado rápido. Si se forma suciedad frecuentemente, quiere decir que hay mucha materia orgánica, y el filtro simplemente no da cuenta. Pero lo principal es esto: dos semanas para estabilizarse es poco, las colonias de microorganismos se asientan alrededor de un mes a mes y medio. Con cambios del 30% lo estás haciendo bien, pero asegúrate de que no sobrealientas. Los peces deben comerse el alimento en 2-3 minutos, lo que sobra va a la basura, no al agua.
Los nitratos por encima de 40 también está bien, mientras no llegues a 80+. Se acumulan con el tiempo y solo se pueden eliminar con cambios de agua y plantas (si tienes de crecimiento rápido). Simplemente sigue haciendo pruebas cada semana durante otro mes, revisa la cantidad de alimento que das: muchas veces ese es el primer cambio que hace diferencia.