Restringir el acceso al micrófono directamente en la configuración del sistema es la forma más simple y confiable de controlar la situación. En Android entra en «Aplicaciones» → selecciona la que necesites → «Permisos» → desactiva el micrófono. En iOS es lo mismo, pero a través de «Configuración de privacidad». La aplicación no se va a romper por eso: simplemente no podrá acceder al micrófono cuando no lo estés usando específicamente para llamadas o mensajes de voz.
Muchas aplicaciones realmente necesitan acceso para sus funciones: los mensajeros lo necesitan para mensajes de voz, un reproductor puede usar el micrófono para comandos de voz o análisis de sonido. Pero hay un matiz: algunos lo solicitan por costumbre o porque así es más fácil para los desarrolladores, sin afectar la funcionalidad.
Un truco: configura el permiso en «Solo mientras se usa la aplicación» en lugar de «Siempre». En la mayoría de los smartphones modernos precisamente esta opción viene por defecto. Con este modo la aplicación podrá activar el micrófono solo cuando esté en primer plano, no en segundo plano. En términos de seguridad está bien: sin ningún riesgo y mucho más tranquilo.