Los cargadores inalámbricos son inherentemente menos eficientes que los con cable, así que la generación de calor es prácticamente inevitable - es solo física. El campo electromagnético que transfiere energía a través del aire y la carcasa de tu teléfono tiene pérdidas de energía, y esa energía desperdiciada se convierte en calor tanto en la base como en tu teléfono. Un poco de calor es totalmente normal y no hay nada de qué preocuparse.
Dicho esto, hay una diferencia práctica entre "tibio" y "tan caliente que resulta incómodo tocarlo". Si tu cargador se calienta de forma incómoda, intenta colocarlo en un lugar con mejor circulación de aire - no lo guardes en un cajón ni bajo tu almohada. Además, si la carcasa de tu teléfono es gruesa o está hecha de un material denso, probablemente esté aislando todo el sistema y atrapando calor. Una carcasa más delgada o ninguna carcasa en absoluto puede ayudar a disipar mejor las cosas. Cargar durante toda la noche tiende a amplificar el problema del calor ya que el cargador funciona durante horas, así que si te preocupa el impacto a largo plazo, considera desconectarlo una vez que tu teléfono llegue al 100% en lugar de dejarlo ahí toda la noche.
La batería en sí normalmente no sufre mucho si el cargador está caliente - los teléfonos tienen una gestión térmica incorporada que reduce la velocidad de carga si las cosas se ponen demasiado calientes. La base del cargador está más en riesgo por el calor sostenido que tu teléfono, pero incluso así, están diseñados para manejar esto. Solo asegúrate de que esté en un lugar con circulación de aire y deberías estar bien.