Los juntas originales de tu casa son efectivamente de cal, así que la idea de volver a la cal es buena, pero cuidado de no cometer el error inverso: un mortero 100% cal pura puede ser demasiado blando para algunas zonas. Lo que funciona muy bien es una mezcla cal-cemento en las proporciones correctas (tipo 3 partes de cal por 1 parte de cemento), te da la flexibilidad y la transpirabilidad de la cal sin perder la resistencia que necesitas. Lo importante es evitar cemento puro solo, que es demasiado rígido y va a hacer que la piedra antigua se agriete con el tiempo, pero una cal sola corre el riesgo de desgastarse demasiado rápido según la exposición de tu fachada.
La verdad, si no estás ultra segura de tus dosificaciones, también puedes encontrar morteros de restauración ya preparados (hacen expresamente estas gamas para las casas viejas) que ya tienen la receta correcta adentro. Antes de lanzarte, prueba un rinconcito no muy visible para ver cómo se comporta con tu piedra específicamente.