As-tu supprimé les photos de Google Photos lui-même, ou de la galerie photo de ton téléphone ?
Bon, voilà le truc - les autres réponses sont sur la bonne piste, mais elles ratent une distinction importante. Quand tu supprimes une photo dans l'appli Google Photos, ça la retire juste de ta bibliothèque Google Photos. La galerie ou l'appli appareil photo native de ton téléphone a toujours le fichier original là-dedans. La synchro auto ne se soucie pas de ce que tu as supprimé dans Google Photos ; elle scanne juste le stockage de ton appareil et se dit « hé, cette photo existe sur le téléphone, faut la syncher ». Du coup elle réupload tout ce qu'elle trouve, même les trucs dont tu pensais t'être débarrassée.
La solution, c'est de supprimer aussi du stockage natif de ton téléphone - pas seulement de Google Photos. Va dans la galerie par défaut ou l'appli appareil photo de ton téléphone et supprime-les là. Une fois qu'elles ont disparu de l'appareil lui-même, la synchro auto ne les trouvera plus et tu seras vraiment débarrassée. Tu pourrais aussi vérifier s'il y a un dossier genre « Récemment supprimé » ou une corbeille dans l'une ou l'autre appli qui garde encore ces photos ; certains téléphones gardent les éléments supprimés là pendant 30 jours à peu près avant de les supprimer définitivement.
Si tu veux être extra prudente à l'avenir, tu pourrais désactiver temporairement la synchro auto pendant que tu fais du ménage, supprimer tout ce que tu veux voir disparaître des deux endroits, puis réactiver la synchro. Comme ça il n'y a pas de confusion sur ce qui se synche où.