Due anni è parecchio tempo, hai ragione a preoccuparti. Il consigliato è fare la pulizia ogni 6 mesi, massimo 1 anno, dipende da come sta la situazione della tua cisterna. Se ha il tappo ben sigillato, è lontana da alberi e non subisce infiltrazioni di sporco, magari regge un po' più a lungo, ma sinceramente 2 anni è oltre il limite. L'acqua stagnante accumula sedimenti, le alghe possono crescere se entra luce, e i batteri si moltiplicano. Non è una cosa da rimandare.
I segnali più ovvi sono: acqua con colore strano (tipo giallognola o grigiastra), cattivo odore che viene dal rubinetto, oppure vedi uno strato di melma sul fondo quando apri la cisterna. Un altro indicatore è se l'acqua esce più lentamente dal rubinetto o quando apri qualsiasi rubinetto in casa esce un po' di acqua torbida all'inizio. Se qualcuno in casa ha problemi di salute strani senza causa apparente (mal di testa, problemi digestivi), potrebbe essere collegato anche, anche se questo è più raro.
Per fare la pulizia come si deve: svuota completamente la cisterna, usa una spazzola o anche un tubo con pressione per raschiare il fondo e i lati, togli tutta quella melma. Poi riempi con acqua, mescola bene, lascia un paio di minuti e svuota di nuovo. Ripeti un paio di volte finché l'acqua non esce trasparente. C'è gente che mette un po' di cloro (tipo 5 litri di candeggina in una cisterna da mille litri, per esempio) prima di riempire tutto di nuovo, ma questo puoi confermarlo con istruzioni più tecniche. Dopo lascia semplicemente che si riempia normalmente e pronto, è fatto.