Consideram apenas o resultado mais recente - essa é uma das principais regras da retentativa. Se você faz o ENEM novamente em outro ano, as universidades na admissão veem exclusivamente a nota nova, a antiga simplesmente deixa de contar. Então seu resultado do 3º ano para a comissão de admissão não existe, mesmo que tenha sido mais alto.
Isso funciona nos dois sentidos: se o novo resultado for pior, você não teve sorte. Mas se for melhor - aí sim ajuda. Por isso vale a pena avaliar com frieza suas forças antes da retentativa, porque a garantia de melhora existe só na sua cabeça, e os pontos depois serão exatamente os que você conseguir.
A única exceção - se você refaz não como parte do processo de admissão, mas simplesmente para melhorar o resultado. Aí também vale a regra do resultado mais recente, mas isso já é decisão sua como usar a nota.