Você está numa situação complicada, mas deixa eu deixar uma coisa clara primeiro: convidar só o novo dela sem ela é bem pior. Vai parecer estranho, ofensivo, e você vai criar um desconforto enorme. Se você quer que ela não esteja lá, assuma isso e fale direto, não de forma indireta. É mais honesto para todo mundo.
Agora, você realmente é obrigado a excluir ela? Três anos é uma história séria mesmo, e se vocês têm amigos em comum, ela vai descobrir que todo mundo vai menos ela. Vai ficar tenso. Se ela virou a página (já que tem alguém) e vocês conseguem ser legais juntos numa festa, francamente é a solução mais tranquila. Vocês se ignoram um pouco, sem problema.
Se você realmente não consegue lidar com a ideia dela estar lá, conversa com sua noiva primeiro, aí contacta a ex de forma adulta. Tipo uma mensagem simples: "olha, pro casamento a gente decidiu limitar para família e amigos próximos, espero que você entenda". Não é crime tirar alguém da lista, mas é melhor que seja assumido do que fingido. E os amigos em comum vão entender melhor do que se você fizesse umas desculpas da conta.