Trabalho com bases de dados há tempos e sei bem a preocupação com privacidade. A boa notícia é que dá para fazer isto localmente, sem enviar nada para a cloud. O caminho mais direto é usar uma ferramenta como o Ollama ou o LM Studio, que deixam correr modelos de linguagem no teu computador. Depois fazes o upload dos PDFs para uma ferramenta que cria um "índice" dos documentos (RAG - Retrieval Augmented Generation). Basicamente o sistema lê os teus ficheiros, extrai a informação importante e quando alguém faz uma pergunta, ele procura nos teus dados e responde com base no que encontra.
Se quiseres algo mais simples, existem plataformas que rodam localmente, como o Hugging Face's Transformers ou até ChatGPT local (usando ollama). Precisas de um computador decente com alguma RAM e talvez uma boa placa gráfica se quiseres velocidade, mas funciona. Há também opções open-source tipo PrivateGPT ou LocalAI que fazem exatamente isto - processam documentos PDF e criam um chatbot sem nada sair de casa.
A grande dificuldade é que requer um mínimo de conhecimento técnico. Mas se tens jeito com linhas de comando e Python básico, há toneladas de tutoriais. Se preferires algo com interface gráfica, o LM Studio é bastante acessível. A privacidade é garantida porque tudo fica no teu hardware.