Não fique remoendo isso nem mande uma mensagem inteira como se estivesse terminando com a pessoa. Vocês não conversam há três anos - ela não fica checando seu status de follow diariamente, e a maioria das pessoas nem percebe quando alguém as deixa de seguir. Se ela notar em algum momento, não é grande coisa. É só limpar sua rede com discrição. Você não está rejeitando a pessoa em si; está apenas organizando suas redes sociais, o que é completamente normal.
A única razão para mandar uma mensagem antes seria se você realmente quisesse se reconectar ou se explicar, mas isso vai contra o que você está tentando fazer. É só deixar de seguir e pronto. Se vocês se encontrarem depois ou ela de alguma forma tocar no assunto, você pode falar casualmente que estava limpando seus contatos ou fazendo uma pausa nas redes sociais. Ninguém vai ficar acordado à noite por causa disso.