O desconforto que você sente é mais do que legítimo, especialmente se trabalha em um espaço compartilhado onde você ouve o áudio ou onde interrompe seu fluxo de concentração. Os áudios longos são chatos exatamente pelo motivo que outros mencionam: você não consegue lê-los no seu ritmo, eles te forçam a ouvir e pronto. Se uma colega te manda um de três minutos sabendo que você está trabalhando, não é negligência, é falta de consideração.
Dito isso, antes de confrontá-la diretamente, você deveria entender se ela está ciente de que está te perturbando. Talvez ela pense que é mais rápido gravar do que escrever, sem se dar conta do impacto em quem recebe. Se você sente que o relacionamento permite, poderia tentar dizer algo como "ah, com áudios longos eu me perco um pouco, eu preferiria mensagens escritas quando você me escreve durante o trabalho" - assim você dá seu feedback sem soar acusadora.
Se por outro lado é algo recorrente e falar com ela diretamente não é possível, a solução mais simples é silenciar as notificações do WhatsApp durante as horas de máxima concentração, pelo menos até você ler a mensagem depois.