Tem vários fatores mesmo. O serviço fica com sua comissão - normalmente é 15-30% do valor do pedido, mais a entrega em separado. A cafeteria marca um preço mais alto justamente pra compensar essa comissão, senão eles trabalham no prejuízo. Aí você acaba pagando pelo próprio serviço como intermediário, pela logística dele, pelo fato de o entregador chegar no seu bairro. Soma-se a isso a inflação - em três anos os preços de tudo subiram, e isso também interfere.
Mais, se for honesta, os serviços tipo Yandex.Eats nos últimos anos têm aumentado a comissão dos restaurantes, principalmente se são populares e sabem que os clientes vão encomendar mesmo assim. A cafeteria simplemente passa esses custos pro preço no app - porque no próprio local estão tendo menos clientes que comem lá, as pessoas preferem entrega. É o jeito mais simples de não ficar no vermelho.
Mais um ponto - pode ser algo específico do seu bairro ou da popularidade do lugar. Se a entrega pra lá é mais cara ou tem muitos pedidos, aí o serviço pode cobrar mais, e o restaurante coloca uma margem maior no preço. Resumindo, é uma mistura de comissões, logística, inflação e lógica de negócio. Se quiser economizar, ligar direto pra cafeteria e buscar você mesma - isso normalmente é uma economia de verdade.