Os juntas originais da tua casa são de fato em cal, então a ideia de voltar à cal é boa, mas cuidado para não cometer o erro oposto: um morteiro 100% cal pura pode ser muito mole para certas áreas. O que funciona muito bem é uma mistura cal-cimento nas proporções certas (tipo 3 partes de cal para 1 parte de cimento), isso te dá a flexibilidade e a transpirabilidade da cal sem perder a resistência que precisas. O importante é evitar cimento puro sozinho, que é muito rígido e vai fazer rachar a pedra antiga com o tempo, mas uma cal sozinha corre o risco de se desgastar rápido demais conforme a exposição da tua fachada.
Sinceramente, se não tens muita certeza dos teus dosages, podes também encontrar morteiros de restauração prontos (fazem de propósito essas linhas para casas antigas) que já têm a receita certa dentro. Antes de começares, testa um cantinho não muito visível para ver como se comporta com a tua pedra especificamente.