Um pen drive físico continua sendo uma ferramenta bem funcional, se você souber usá-lo :) Um vírus não vai simplesmente grudar nele - é preciso conectar uma fonte infectada ou receber o pen drive de alguém que já o infectou. Se você estiver transferindo arquivos entre seus próprios dispositivos ou para pessoas de confiança, o risco é mínimo. Uma verificação com antivírus antes de usar é uma proteção simples que leva apenas alguns minutos.
Mas tem uma pegadinha que a galera costuma esquecer: o pen drive é fácil de perder ou ter roubado, e pode conter dados confidenciais. Nesse aspecto, a nuvem é mais segura - mesmo que invadam sua conta, todos os arquivos baixados continuam na rede e você consegue recuperá-los. Perdeu o pen drive - pronto, seus dados podem cair nas mãos erradas sem chances de recuperação.
Então a escolha depende da situação: se precisa transferir um arquivo para alguém perto de você, o pen drive é mais prático. Se precisa de confiabilidade e capacidade de recuperação, a nuvem é definitivamente melhor. Muita gente simplesmente combina os dois métodos dependendo das circunstâncias :)