Физическая флешка остаётся вполне рабочим инструментом, если её правильно использовать :) Вирус на неё не прилипает просто так - нужно подключить заражённый источник или получить флешку от человека, который уже её заразил. Если ты передаёшь файлы между своими устройствами или доверенным людям, риск минимален. Проверка антивирусом перед использованием - простая подстраховка, которая займёт пару минут.
Но есть подводный камень, на который обычно забывают: флешка легко потеряется или её украдут, а на ней могут быть конфиденциальные данные. Облако в этом смысле безопаснее - даже если взломают аккаунт, все скачанные файлы остаются в сети, их можно вернуть. Флешку потерял - и всё, данные могут попасть в чужие руки без вариантов восстановления.
Так что выбор зависит от ситуации: спешишь передать файл человеку рядом - флешка удобнее. Нужна надёжность и возможность восстановления - облако однозначно лучше. Многие просто комбинируют оба способа в зависимости от обстоятельств :)