Verwende nicht das normale Speicherformat der App, wenn du deine Ebenen behalten möchtest - das wird alles unwiederbringlich zusammenführen. Was niemand erwähnt, ist, dass du vor dem Schließen in ein Projektformat exportieren musst, nicht einfach nur auf "Speichern" tippen. In Express gehst du zu Datei → Exportieren und suchst nach der Option zum Speichern als PSD oder als App-Projekt (erscheint meist als "Sicherungskopie speichern" oder ähnlich, je nach deiner Version). Das erhält die Ebenen für die nächste Sitzung intact.
Das Problem ist, dass Express für schnelle Bearbeitung auf dem Handy gedacht ist, nicht für komplexe Projekte. Wenn du als normales Bild speicherst (JPEG, PNG), verlierst du logischerweise alle Ebeninformationen, weil diese Formate sie nicht unterstützen. Aber wenn die App die Option für ein natives Projekt hat, nutze sie immer. Aber ehrlich gesagt, wenn dein Workflow ernst gemeint ist und du stabile Ebenen brauchst, ist die App ziemlich begrenzt - probier mal Krita oder Ibis Paint X auf Android, die handhaben Mehrebenen-Projekte besser.