No empieces a regar más la planta ahora - eso solo empeora las cosas. Las manchas blandas y oscuras son un signo clásico de pudrición, y ese olor desagradable indica que las raíces ya están dañadas. Esto también puede pasar incluso si riegas supuestamente pocas veces, si la tierra no drena bien o si el agujero de drenaje está tapado. La aloe vera realmente necesita condiciones secas - mucho más secas de lo que la mayoría de la gente cree.
Primero revisa la tierra: ¿está mojada o blanda? Si es así, yo sacaría la planta, cortaría las raíces podridas con un cuchillo limpio (quita todo lo negro) y la trasplantaría a tierra fresca y seca con buen material de drenaje (arena, arcilla expandida). La maceta debe tener un agujero de drenaje, si no se acumula el agua. Además, la ventana del salón puede ser problemática si es muy húmeda - a la aloe vera le gusta más fresco y seco.
Después del trasplante no riegues durante al menos 1 o 2 semanas, para que los cortes de las raíces puedan cicatrizar. Luego riega de verdad solo cuando la tierra esté completamente seca varios centímetros de profundidad. Si las hojas ya están muy blandas, lamentablemente las hojas afectadas no se pueden salvar - simplemente quítalas y deséchalas.