Definitivamente estás regando mucho, el aloe vera se pudre si lo riegas cada dos días. Esas hojas blandas y amarillas son señal de que la raíz está podrida por exceso de humedad. Lo ideal es regarla una sola vez por semana en verano, y en invierno quizás cada 10 días o menos, dejando que la tierra se seque completamente entre riego y riego. ¿La maceta tiene agujeros de drenaje? Si no los tiene, ahí está el problema; el agua se queda adentro y mata la planta. Si las raíces están muy dañadas, te recomendaría sacar la planta, dejarla secar un par de días al aire, cortar las partes negras o blandas, y replantarla en tierra nueva con mejor drenaje.