Dos años es bastante tiempo, estás en lo correcto al preocuparte. Lo recomendado es hacer una limpieza cada 6 meses, como máximo 1 año, dependiendo de cómo esté la situación de tu cisterna. Si tiene la tapa bien sellada, está lejos de árboles y no sufre entrada de suciedad, quizá aguante un poco más, pero sinceramente 2 años ya pasó del punto. El agua estancada acumula sedimento, pueden crecer algas si entra luz, y las bacterias se proliferan. No es cosa para dejar para después.
Los signos más obvios son: agua con color extraño (medio amarillenta o grisácea), mal olor viniendo de la llave, o ves una capa de lodo en el fondo cuando abres la cisterna. Otro indicador es si el agua tarda más en salir del grifo o cuando abres cualquier grifo de la casa sale esa agua turbia al principio. Si alguien en casa está teniendo un problema de salud extraño sin causa aparente (dolor de cabeza, problema digestivo), puede estar relacionado también, aunque eso sea más raro.
Para hacer la limpieza bien: vacía la cisterna completamente, usa un cepillo o incluso una manguera a presión para raspar el fondo y los laterales, quita todo ese lodo. Después llena con agua, muévela bien, déjala unos minutos y vacía de nuevo. Repite esto unas dos o tres veces hasta que el agua salga clara. Hay gente que pone un poco de cloro (unos 5 litros de lejía en una cisterna de mil litros, por ejemplo) antes de llenarla de nuevo, pero eso puedes confirmarlo con instrucciones más técnicas. Después solo déjala llenar normalmente y listo, está hecho.