La diferencia principal es que una fachada ventilada tiene una cámara de aire entre el aislamiento y el acabado exterior, mientras que el aislamiento tradicional simplemente se adhiere directamente a la pared. Esa cámara de aire es lo que marca toda la diferencia: permite que la humedad circule y se evapore, evitando que se acumule detrás del revestimiento. En Madrid, con los cambios de temperatura y humedad que tenemos, esto es bastante relevante para evitar problemas de condensación y moho a largo plazo.
El aislamiento tradicional es más económico de entrada, pero tiende a atrapar la humedad. Con una fachada ventilada además ganas en eficiencia térmica real (esa cámara de aire actúa como amortiguador), la fachada se mantiene más seca y dura más tiempo sin deteriorarse, y el acabado tiene menos riesgo de desprendimientos. No es solo estética, aunque claro que también puedes elegir materiales bonitos. La inversión es mayor, pero si tu casa es antigua y tiene problemas de humedad o quieres que la reforma dure décadas sin sorpresas, vale bastante la pena.
Lo que te recomendaría es que el arquitecto te especifique bien el sistema que propone: no todas las fachadas ventiladas son iguales, y en función de cómo esté tu casa actualmente (muros gruesos de obra vista, fachada pintada, etcétera) puede tener más o menos sentido hacer esa inversión.