Las manchas marrones en las Phalaenopsis casi siempre son por riego excesivo, especialmente si la humedad del aire es baja - porque entonces la humedad se acumula en el sustrato, aunque se sienta seco. Con agua del grifo, además puede ser un problema la acumulación de cal, pero eso se ve más como manchas claras. Fíjate bien en esas zonas: ¿son blandas y blandengues o más bien duras? Si son blandas, reduce mucho el riego y deja que la orquídea se seque casi completamente entre riegos - yo siempre riego las mías solo cada dos o tres semanas, incluso con la mejor luz. Si las manchas son duras y no se expanden, probablemente solo sean manchas de cal y no es gran cosa, pero con el sustrato húmedo en invierno fácilmente viene el hongo después, así que piensa en la ventilación.