Suena bastante a sarna o oídio, ambas son enfermedades fúngicas que son super frecuentes en manzanos. La sarna típicamente causa esas manchas marrones, más bien irregulares y se propaga rápido, especialmente si hace humedad y calor. El oídio se ve más como un recubrimiento gris, pero la sarna también encaja con tu descripción de las hojas que se caen. Las plagas más bien comerían agujeros o dejarían telarañas, así que mi apuesta va más hacia el hongo.
Lo que puedes hacer sin química: primero quita todas las hojas afectadas y las que están caídas en el suelo y tíralas - no al compost, eso solo propaga las esporas. Después rocía regularmente con agua, pero en la base de la planta, no encima de las hojas, porque las hojas mojadas alimentan todavía más el hongo. Los extractos de ortiga o cola de caballo también ayudan, solo tienes que probar. En otoño, cuando podas, aclara un poco la copa para que el aire circule mejor.
Para el próximo año, prevenir: ya en primavera rocía preventivamente y diluido con aceite de neem o azufre, antes de que vuelva a empezar. Algunos también juran que en invierno hay que cambiar la capa superior del suelo, porque las esporas del hongo hibernan ahí. Si aun así el próximo año vuelve fuerte, entonces quizá deberías pensar en variedades más resistentes, pero primero probaría con estos métodos.