Si la raíz ya está blanda o completamente negra, esa parte está muerta y hay que cortarla sin dudar. Usa unas tijeras o un cuchillo desinfectados con alcohol o lejía diluida, y no tengas miedo de ser agresiva: es mejor perder un trozo de raíz sana que dejar que el hongo se extienda.
Después del corte, lo que funciona de verdad es cambiar todo el sustrato. La gente tiende a pensar que dejando secar ya está, pero el musgo o la corteza donde vivía la maceta sigue lleno de esporas. Saca la orquídea, elimina toda la tierra vieja, seca bien las raíces con papel de cocina (sin frotar), y trasplantala en sustrato nuevo y limpio. Mientras haces esto, revisa que no queden manchitas negras en las raíces que queda mantener; si hay dudas, mejor corta.
Una vez plantada, no riegues durante unos días. Después, riega pero de verdad cuidado con el agua estancada: si usas maceta con agujeros de drenaje y la pones en una bandeja, saca la orquídea de ahí pasados unos minutos. El hongo necesita ese ambiente húmedo y encharcado para prosperar, así que lo mejor es no volver a dejarlo en la bandeja de agua. El olor raro debería desaparecer en un par de semanas si la planta empieza a recuperarse.