Los cables de terceros, especialmente los más baratos, suelen tener una resistencia eléctrica mayor que los cables certificados. Esto significa que no están transfiriendo la energía de forma eficiente, así que más energía se desperdicia en forma de calor en lugar de ir a la batería. Tu iPhone se calienta porque está trabajando más para obtener la misma cantidad de carga a través de una conexión menos eficiente. El cable oficial de Apple está diseñado para minimizar esta resistencia, por eso no ves el mismo calor.
Con el tiempo, la exposición regular al calor excesivo durante la carga puede degradar la salud de tu batería más rápido de lo que lo haría una carga normal. A las baterías de litio no les gusta el calor sostenido, y si lo haces a diario con un cable de mala calidad, probablemente notarás que la capacidad de tu batería disminuye notablemente en uno o dos años. No es que de repente vaya a coger fuego ni nada, pero definitivamente estás sometiéndole estrés innecesario a la batería.
Lo más seguro es cambiar a un cable oficial de Apple o al menos a una opción de terceros certificada (busca la certificación MFi). Si quieres seguir usando cables baratos, al menos comprueba si están causando el mismo problema de calor primero. Además, evita cargar en ambientes calurosos cuando sea posible, la gestión de temperatura interna de tu teléfono solo puede hacer tanto. Si el calor es extremo incluso con un cable adecuado, merece la pena investigarlo más, pero en la mayoría de casos un cable mejor resolverá tu problema.