¿Tengo derecho a una prestación por incapacidad temporal si trabajo por cuenta propia?

Tienes derecho sí, pero necesitas estar afiliado al INSS como contribuyente individual - ahí es obligatorio. Si trabajas por cuenta propia pero no contribuyes, no vas a conseguir el auxilio por enfermedad. El detalle es que no puedes estar recibiendo otro beneficio del INSS al mismo tiempo, y necesitas comprobar que quedaste incapacitado por más de 15 días a través de una pericia médica del instituto.