Le radici aeree sono completamente normali nelle Phalaenopsis e non è un segno di sofferenza! La tua orchidea sta semplicemente facendo quello che farebbe in natura, dove queste piante vivono su alberi e sviluppano radici che si espongono all'aria. Se spuntano dappertutto è anzi un buon segnale che l'umidità è decente e la pianta sta bene. Lasciale dove sono, non servono a niente se le forzi dentro il vaso e comunque rischi solo di stressarla e crearle ferite.
Quello che puoi fare invece è facilitare la loro funzione! Le radici aeree assorbono umidità e ossigeno dall'aria, quindi se nebulizzi la pianta regolarmente oppure le passi con un panno umido ogni tanto, lei le utilizza davvero e crescono più robuste. Un trucco che molti non fanno è avvolgere le radici aeree con sfagno bagnato (tipo con un elastico intorno) per qualche settimana - la pianta le userà per assorbire acqua e nutrienti direttamente, e diventeranno ancora più forti. Non è obbligatorio eh, è più che altro per far star lei ancora meglio!
L'unica situazione in cui ti conviene intervenire è se il vaso è davvero troppo grande rispetto alla pianta, perché allora non riesce a seccare bene e il rischio di marciume aumenta. Ma se il rinvaso è recente e il drenaggio è buono, puoi stare tranquilla così!