Non usare il formato di salvataggio normale dell'app se vuoi conservare i livelli - quello ti farà fondere tutto senza rimedio. Quello che nessuno menziona è che devi esportare in un formato di progetto prima di chiudere, non semplicemente premere "salva". Su Express, quando fai file → esporta, cerca l'opzione di salvare come PSD o come progetto dell'app (di solito appare come "salva backup" o simile a seconda della tua versione). Quello mantiene i livelli intatti per la prossima sessione.
Il problema è che Express è pensata per l'editing veloce su mobile, non per progetti complessi. Se salvi come immagine normale (JPEG, PNG), logicamente perdi tutte le informazioni dei livelli perché quei formati non li supportano. Ma se l'app ha l'opzione di progetto nativo, usala sempre. In ogni caso, se il tuo flusso di lavoro è serio e hai bisogno di livelli stabili, l'app è piuttosto limitata - considera di provare Krita o Ibis Paint X su Android, che gestiscono meglio i progetti multistrato.