Decisamente stai innaffiando troppo, l'aloe vera marcisce se la innaffi ogni due giorni. Quelle foglie morbide e gialle sono il segnale che la radice è marcia per eccesso di umidità. L'ideale è innaffiarla una sola volta a settimana in estate, e in inverno magari ogni 10 giorni o meno, lasciando che il terreno si asciughi completamente tra un'innaffiatura e l'altra. Il vaso ha i buchi di drenaggio? Se non li ha, lì sta il problema; l'acqua rimane dentro e uccide la pianta. Se le radici sono molto danneggiate, ti consiglierei di togliere la pianta, lasciarla asciugare un paio di giorni all'aria, tagliare le parti nere o morbide, e ripiantarla in terreno nuovo con miglior drenaggio.