Agora não comece a regar mais a planta - isso só piora as coisas. As manchas moles e escuras são um sinal clássico de apodrecimento, e o cheiro desagradável indica que as raízes já estão comprometidas. Isso pode acontecer mesmo com regas aparentemente raras, se o solo não drena bem o suficiente ou o buraco do vaso está entupido. Aloe vera precisa realmente de condições secas - bem mais secas do que a maioria das pessoas pensa.
Dá uma olhada na terra: está úmida ou mole? Se sim, eu tiraria a planta do vaso, cortaria as raízes apodrecidas com uma faca limpa (remove tudo que está preto) e replantaria em terra fresca e seca com bom material drenante (areia, argila expandida). O vaso precisa ter um buraco de drenagem, senão a água se acumula. Também é possível que a janela da sala seja problemática se estiver muito úmida - Aloe vera prefere lugares frescos e secos.
Depois de replantar, não regue por pelo menos 1 a 2 semanas para que os cortes nas raízes cicatrizem. Depois disso, só regue novamente quando a terra estiver completamente seca vários centímetros de profundidade. Se as folhas já estão muito moles, infelizmente as folhas afetadas não podem mais ser salvas - é só remover e descartar.