Teu médico te passou a informação correta, então não precisa entrar em pânico. É verdade que 48-72h é muito tempo quando você se sente mal, mas é realmente o prazo normal para você começar a sentir a diferença de verdade. A amoxicilina começa a agir bem rápido nas bactérias, mas teu corpo leva tempo para se recuperar - a inflamação da garganta não desaparece do dia para a noite mesmo que os antibióticos façam seu trabalho.
O que ajuda enquanto espera: toma paracetamol ou ibuprofeno para aliviar a dor e a febre (não é porque você está tomando antibióticos que precisa sofrer à toa), pastilhas para a garganta, repouso. Muita gente tem a impressão de que nada está funcionando porque espera estar ótimo em algumas horas, mas não é assim que funciona. Depois de 3-4 dias você vai claramente sentir que está melhorando. Se realmente nada mudar depois de uma semana ou se piorar, aí sim precisa entrar em contato com o médico de novo - mas no teu caso provavelmente você está só no começo do processo.