Três semanas dela chorarem sempre no mesmo horário é bem indicativo, mas tem um par de coisas que eu gostaria de perguntar antes de falar "sim, são cólicas" - quando chora, a barriguinha dela fica dura ou inchada? E tem dificuldade para fazer cocô, ou sai fácil?
Pergunto porque as cólicas de verdade têm esse padrão bem regular (o que você descreve é clássico), mas o choro noturno em recém-nascidos pequenos pode vir também de refluxo ou de outras coisas, principalmente se a barriga não está tensa. O pediatra deveria descartar alergia ao leite materno ou à fórmula antes de dar como certo que sejam cólicas, porque se fosse isso, não mudaria nada massagear ou tentar posições diferentes.
Se o pediatra já descartou outras causas e a situação é exatamente essa que você descreve - mesmo horário, choro desesperado, nada que a acalme por horas - então infelizmente sim, pode ser cólica e nesse caso a coisa mais realista é que passem sozinhas em algumas semanas, no máximo duas. Enquanto isso vocês podem tentar barriguinha para baixo, movimentos rítmicos, talvez um de vocês dois que a segure durante aquele período assim o outro descansa um pouco.