Não é bem uma questão de qual é "melhor" assim em absoluto, porque depende muito do que tu precisas especificamente. Mas é verdade que o Clip Studio Paint tem ferramentas pensadas à medida para manga e webtoons, enquanto o Krita é mais versátil mas menos especializado nessa área. O Clip tem materiais de trama prontos, ferramentas de perspetiva mais robustas, e a comunidade de manga é gigante lá, o que significa mais tutoriais e recursos. Além disso, tem suporte nativo para painéis e vinhetas que facilita muito o trabalho de página.
Dito isto, se tu já és confortável com o Krita e ele funciona para ti, a mudança pode não valer a pena só porque sim. O Krita melhorou bastante as ferramentas de desenho e agora tem boas opções de pincéis. A questão é: o que sentes que te está a faltar no Krita neste momento? É a velocidade? É funcionalidades muito específicas? Porque se é só a síndrome de "deve haver algo melhor", podes estar a gastar dinheiro à toa.
Se estás mesmo a considerar mudar, a maneira sensata é testares o Clip Studio Paint durante o período de trial. Vês se as ferramentas extras fazem realmente diferença no teu fluxo de trabalho. E lembrate que o Krita é gratuito e open-source, enquanto o Clip é uma subscrição, por isso há um custo contínuo envolvido. Vale a pena para ti?