Se a raiz já está mole ou completamente preta, essa parte está morta e precisa ser cortada sem hesitar. Use uma tesoura ou faca desinfetada com álcool ou água sanitária diluída, e não tenha medo de ser agressiva: é melhor perder um pedaço de raiz saudável do que deixar o fungo se espalhar.
Depois do corte, o que funciona de verdade é trocar todo o substrato. As pessoas tendem a achar que deixando secar já resolve, mas o musgo ou a casca de onde vinha o vaso está cheio de esporos. Tire a orquídea, elimine toda a terra velha, seque bem as raízes com papel toalha (sem esfregar), e replante em substrato novo e limpo. Enquanto faz isso, verifique que não restem manchinhas pretas nas raízes que quer manter; se tiver dúvida, é melhor cortar.
Uma vez plantada, não regue durante alguns dias. Depois, regue mas com muito cuidado com água parada: se usar vaso com furos de drenagem e colocar em um prato, tire a orquídea de lá passados alguns minutos. O fungo precisa desse ambiente úmido e encharcado para prosperar, então o melhor é não deixar mais no prato de água. O cheiro estranho deveria desaparecer em um par de semanas se a planta começar a se recuperar.