Manchas marrons em Phalaenopsis são geralmente causadas por rega excessiva, especialmente quando a umidade do ar é baixa - a umidade fica retida no substrato, mesmo que pareça seco. Com água da torneira, depósitos de calcário também podem ser um problema, mas isso parece mais com manchas claras. Dá uma olhada bem de perto nessas manchas: são macias e moles ou mais duras? Se forem macias, reduz bastante a rega e deixa a orquídea secar quase completamente entre as regas - eu sempre rego as minhas só a cada duas ou três semanas, mesmo com a luz mais forte. Se as manchas forem duras e não estiverem se espalhando, é provavelmente só depósito de calcário e não é grande coisa, mas com o substrato úmido no inverno, fungos aparecem rápido, então fica atento com a ventilação.