A podridão apical é fundamentalmente um problema de transporte de cálcio, mas tem uma coisa que as pessoas costumam perder de vista: adicionar calcário ao solo não garante que o cálcio chegue onde precisa. O verdadeiro culpado é a rega inconsistente. Quando o solo seca entre as regas, a planta não consegue transportar cálcio através do sistema vascular até o fruto em desenvolvimento - então mesmo que o cálcio esteja tecnicamente no solo, o tomate não absorve. E quando você rega de novo, já é tarde para aquele fruto. Você precisa manter a umidade do solo consistente, não apenas "regular".
O calcário que você adicionou no ano passado pode levar um tempo até ficar disponível para as plantas, então não assuma que falhou ainda. Mas o que eu focaria é isto: coloque uma cobertura pesada ao redor dos seus tomates para regular a umidade do solo e impedir que seque entre as regas. Procure manter a umidade constante e uniforme durante toda a estação de crescimento - o solo deve parecer uma esponja espremida. Em um canteiro elevado, isso geralmente é mais fácil de controlar do que plantado no chão, então você tem vantagem aí.
Também repense em rodar as culturas para fora daquele canteiro ou pelo menos renovar o solo. Depois de três estações da mesma cultura, seus micronutrientes e estrutura do solo provavelmente sofreram, e isso afeta a eficiência com que a planta consegue absorver qualquer coisa, cálcio incluído. Mesmo que a podridão apical seja o problema visível, a saúde do solo em geral pode estar trabalhando contra você também.