Você deletou essas fotos do próprio Google Photos, ou do rolo de câmera do seu telefone?
Pois é, aqui está a questão - as outras respostas estão no caminho certo, mas tá faltando uma distinção importante. Quando você deleta uma foto no app Google Photos, ele só remove da sua biblioteca do Google Photos. O arquivo original no rolo de câmera ou no app de galeria do seu telefone continua lá. O auto-sync não se importa com o que você deletou no Google Photos; ele só varre o armazenamento do dispositivo e diz "ó, essa foto existe no telefone, melhor sincronizar." Então ele re-faz upload de tudo que encontra, mesmo das coisas que você achava que tinha se livrado.
A solução é deletar do armazenamento nativo do seu telefone também - não só do Google Photos. Entra no app de galeria padrão ou de câmera do seu telefone e deleta de lá. Quando sumir do próprio dispositivo, o auto-sync não vai mais encontrar e pronto, acabou de verdade. Você também pode checar se tem uma pasta tipo "Deletados recentemente" ou uma lixeira em um dos apps que tá ainda guardando essas fotos; alguns telefones mantêm itens deletados lá por uns 30 dias antes de remover permanentemente.
Se quiser ser extra cauteloso daqui pra frente, dá pra desativar o auto-sync temporariamente enquanto tá limpando tudo, deletar o que quiser de ambos os lugares, e depois ativar a sincronização de novo. Assim não tem confusão sobre o que tá sincronizando aonde.