A diferença principal é que uma fachada ventilada tem uma câmara de ar entre o isolamento e o acabamento exterior, enquanto o isolamento tradicional simplesmente se adere diretamente à parede. Essa câmara de ar é o que faz toda a diferença: permite que a umidade circule e se evapore, evitando que se acumule atrás do revestimento. Em Madrid, com as mudanças de temperatura e umidade que temos, isso é bastante relevante para evitar problemas de condensação e mofo a longo prazo.
O isolamento tradicional é mais econômico inicialmente, mas tende a reter a umidade. Com uma fachada ventilada, além disso, você ganha em eficiência térmica real (essa câmara de ar atua como amortecedor), a fachada se mantém mais seca e dura mais tempo sem se deteriorar, e o acabamento tem menos risco de desprendimentos. Não é apenas estética, embora é claro que você também possa escolher materiais bonitos. O investimento é maior, mas se sua casa é antiga e tem problemas de umidade ou você quer que a reforma dure décadas sem surpresas, vale bem a pena.
O que eu recomendaria é que o arquiteto especifique bem o sistema que propõe: nem todas as fachadas ventiladas são iguais, e dependendo de como está sua casa atualmente (muros grossos de alvenaria à vista, fachada pintada, etc.), pode fazer mais ou menos sentido fazer esse investimento.