Tenho direito a auxílio-doença se trabalho por conta própria?

Você tem direito sim, mas precisa estar filiado ao INSS como contribuinte individual - aí é obrigatório. Se você trabalha por conta própria mas não contribui, não vai conseguir o auxílio-doença. O detalhe é que você não pode estar recebendo outro benefício do INSS ao mesmo tempo, e precisa comprovar que ficou incapacitado por mais de 15 dias através de perícia médica do instituto.