A questão não é bem assim - não é escolher entre o melhor e o pior, mas escolher o instrumento certo para a tua situação específica. BPIF e fundo de cotas realmente diferem, mas não de forma tão dramática quanto pode parecer. Em um BPIF você compra títulos direto, e o fundo funciona apenas como gestor, então as comissões costumam ser menores. Já em um fundo de cotas você possui uma cota - uma participação na carteira, e isso pode ser mais caro. Mas a diferença principal está nos impostos: quando você vende uma cota, paga imposto sobre sua renda, enquanto em um BPIF o imposto é calculado no nível do fundo, e isso pode ser mais vantajoso no longo prazo.
Para um iniciante em três anos, normalmente recomendam começar com BPIF - é mais transparente e mais barato. Mas vê só: se você pretende negociar ativamente ou adicionar fundos frequentemente à carteira, o fundo de cotas pode ser mais conveniente em termos de procedimentos. Também é importante observar os fundos específicos que você está considerando - alguns BPIFs podem ter comissões maiores do que bons fundos de cotas. Não se prenda ao nome, compare pelos parâmetros: tamanho da comissão, composição da carteira, reputação do gestor.
O principal para um iniciante é começar devagar, investir um valor que você não se importaria em perder, e participar do processo. Em três anos você provavelmente não perderá ou ganhará muito com a escolha do tipo de fundo de qualquer forma, mas vai ganhar experiência para os próximos investimentos.