Я уже какое-то время балуюсь цифровым искусством и честно, сканирование с простым оборудованием - это просто кошмар. Очистка занимает намного больше времени, чем само раскрашивание. Лучше всего наверное поднять контраст и уровни в Фотошопе после сканирования, потом использовать Threshold, чтобы линии стали четкими, но если ты уже в раздражении, может быть проще купить дешевый графический планшет - тогда вообще пропустишь всю эту очистку. Рисовать прямо на чем-то типа Wacom One или даже iPad позволит сразу перейти к раскрашиванию без проблем со сканированием, хотя конечно есть кривая обучения - ощущение от пера отличается от бумаги.