Коричневые пятна на фаленопсисе чаще всего из-за переувлажнения, особенно если влажность воздуха низкая - тогда влага застаивается в субстрате, хотя он кажется сухим. С водопроводной водой ещё может быть проблема с известковым налётом, но это выглядит скорее как светлые пятна. Посмотри на эти места внимательнее: они мягкие и кашеобразные или скорее твёрдые? Если мягкие, то значительно сократи полив и дай орхидее почти полностью просохнуть между поливами - я свои поливаю всегда только раз в две-три недели, даже при хорошем освещении. Если пятна твёрдые и не распространяются, то это, вероятно, просто известковые пятна и не большая проблема, но при влажном субстрате зимой быстро может начаться настоящая грибковая инфекция, так что подумай о вентиляции.