Если корень уже мягкий или полностью чёрный, эта часть мертва и её нужно обрезать без колебаний. Используй ножницы или нож, продезинфицированные спиртом или разбавленной белизной, и не бойся быть агрессивной: лучше потерять кусочек здорового корня, чем позволить грибку распространяться.
После обрезки действительно помогает полностью сменить субстрат. Люди обычно думают, что просто высушить достаточно, но мох или кора, где жила орхидея, всё ещё полны спор. Достань орхидею, удали всю старую землю, хорошо высуши корни бумажным полотенцем (без трения) и пересади её в новый чистый субстрат. Пока это делаешь, проверь, что на корнях, которые ты оставляешь, нет чёрных пятнышек; если сомневаешься, лучше обрежь.
Как только посадила, не поливай несколько дней. Потом поливай, но будь очень осторожна с застойной водой: если используешь горшок с дренажными отверстиями и ставишь его на поддон, убирай орхидею оттуда через несколько минут. Грибку нужна та влажная, переувлажнённая среда, чтобы разрастаться, так что лучше вообще не оставлять её в поддоне с водой. Странный запах должен исчезнуть за пару недель, если растение начнёт восстанавливаться.